Zemzem suyunun kaynağının bulunamaması bilim adamlarını şaşkına çeviren ilk özelliklerden biri. İkinci olarak Zemzem kuyusunun denizden 80 kilometre uzakta olmasına ve etrafında başka hiç kuyu bulunmamasına rağmen var oluşu, üstelik tükenmeyişi bilimin kafa karıştırıcı bulduğu konulardan...

Zemzem kuyusu yalnızca 1.5 metre derinlikte olmasına rağmen bütün hacı ve umrecilerin su ihtiyacını karşılıyor! Dahası şimdiye kadar Zemzem suyunda hiçbir azalma gözlenmedi! Açlığı gidermek için içenin açlığını, susuzluğunu gidermek için içenin de susuzluğunu gideren suyun esrarı bilim adamları tarafından inceleniyor. Avrupa'da laboratuarlarda yapılan araştırmalarda, zemzem suyunun çok az kükürt içerdiği tespit edildi. Amerika'da yapılan test sonuçlarına göre ise zemzem, içinde mikroorganizma ve bakteri bulunmayan tek su olma özelliği taşıyor.
Bu çerçevede Dünya Sağlık Örgütü (WHO) yakın zamanda Zemzem Suyu'nu dünyanın en içilebilir sularından ilan etti. Buna rağmen diğer sulara göre pek çok daha mineral ve besleyici element içeren Zemzem'in esrarı tam olarak çözülebilmiş değil.